Beslutningen om, hvornår du skal starte din cyklus manuelt, afhænger af dine unikke omstændigheder. I Clue Tracking er det op til dig at bestemme din cyklus. Du kan f.eks. begynde en ny cyklus, når du skifter p-plaster eller p-ring, begynder på en ny pakke piller, tager en testosteronindsprøjtning eller justerer din dosis af hormonbehandling. At tracke oplevelser som humørsvingninger, brystspænding, energiskift eller pletblødning i et par måneder kan hjælpe dig med at se mønstre og bemærke eventuelle ændringer. Nogle mennesker vælger måske at starte en ny cyklus, hver gang de bemærker et skift i deres fysiske eller følelsesmæssige oplevelser, hvilket markerer et nyt punkt, hvor de kan begynde at spore tilbagevendende mønstre. Jo mere du tracker, jo tydeligere bliver dine cyklusmønstre.